Nazwisko pochodzi od wyrazy pochodzenia niemieckiego szyper, czyli: 1. pierwszy dozorca na statku, 2. pisarz kupiecki mający mieszkanie w czasie ryzy w skarbówce, 3. w ogóle właściciel statku ładunkowego, przedsiębiorca spławu, 4. właściciel statku rybackiego, zob. tzw. Słownik warszawski, t. VI, s. 705 lub wprost od niemieckiej nazwy osobowej Schipper, średniodolnoniemieckie schippere, schipper < schiphēre ‘właściciel lub dowódca statku’, później też ‘żeglarz, marynarz’. Potencjalną – choć zdecydowanie mniej prawdopodobną - podstawą etymologiczną jest także nazwa miejscowości warmińskiej Schippern (Szypry), dziś Łęgajny, zob. Słownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, t. XII s. 125. Por. także Szyperki z byłego powiatu niskiego, zob. Słownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, t. XII s. 124.
