Nazwisko jest formą pochodna od niemieckiej nazwy osobowej Woiner, pochodzącej od Wagner, znaczenia tego rzeczownika różnią się geograficznie, w południowej części Niemiec ‘rzemieślnik zajmujący się robieniem wozów’ (Wagenbauer) lub ‘woźnica, furman’, na północnym wschodzie a także na północnym zachodzie ‘kołodziej, stelmach’, tu i tam również ‘kowal sporządzający obręcze do kół’, lub nawet ‘rymarz robiący uprzęże’ (zob. Z. Klimek, Słownik etymologiczno-motywacyjny staropolskich nazw osobowych. Nazwy pochodzenia niemieckiego, Kraków 1997, s. 276). Inne znaczenie tego ap. to ‘dowódca taboru podczas wojny’, Wagner to także górnoniemieckie określenie niezdecydowanego, chwiejnego, zbyt rozważnego człowieka. Por. także nazwę miejscową Wojnary z byłego powiatu oleckiego, zob. Słownik geograficzny Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, t. XIII, s. 751.
