Bałkun pochodzi od podstawy bal-, tę zaś można wywodzić z: 1. z prasłowiańskiego *balьji ‘czarownik, znachor’ , 2. od bal ‘kłoda, zwój płótna’, 3. imienia Baltazar, 4. na południu Polski może być też pochodzenia węgierskiego (zob. Nazwiska Polaków. Słownik historyczno-etymologiczny, t. I A-K, Kraków 1999, s. 15-16), 5. rzeczownika bałka: a) małe jezioro w wądole, b) suche jary, jary stepowe, z ukraińskiego bałka = nizina, dół na stepie (zob. Słownik języka polskiego, tzw. warszawski, t. I, s. 90-91). Ostatnia wskazana podstawa wydaje się najbardziej prawdopodobna.
